Der Batu-Höhlenkomplex besteht aus über 20 anerkannten Höhlen, aber vier davon sind die bekanntesten und für Besucher am besten zugänglich: Die Tempelhöhle, die Dunkle Höhle, die Höhlenvilla und die Ramayana-Höhle. Diese Höhlen wurden in silurischem Kalkstein gebildet, der über 400 Millionen Jahre alt ist, wobei die Höhlen selbst auf ein Alter von etwa 100 Millionen Jahren geschätzt werden. Zu den natürlichen Formationen gehören hoch aufragende Kammern, enge Gänge, Stalaktiten, Stalagmiten und dramatische Oberlichter, durch die das Sonnenlicht durch Öffnungen im Dach fällt.