Bevor die Batu-Höhlen eine religiöse Bedeutung hatten, war das Gebiet vor allem den lokalen indigenen Gemeinschaften und chinesischen Siedlern bekannt. Sie nutzten die Höhlen, um Guano (Fledermauskot) zu sammeln, der als Dünger wertvoll war. Im Jahr 1859 erforschte der amerikanische Naturforscher William Hornaday den Ort und machte auf die beeindruckenden Kalksteinformationen aufmerksam, was zu einem frühen Interesse an den Höhlen beitrug.