Antes de que las Cuevas de Batu tuvieran algún significado religioso, la zona era conocida principalmente por las comunidades indígenas locales y los colonos chinos. Utilizaban las cuevas para recoger guano (excrementos de murciélago), que era valioso como fertilizante. En 1859, el naturalista americano William Hornaday exploró el lugar, llamando la atención sobre sus sorprendentes formaciones calizas y contribuyendo al temprano interés por las cuevas.