Le grotte di Batu esistono da milioni di anni, ma per la maggior parte del tempo erano solo parte del paesaggio naturale. Occasionalmente veniva utilizzato dalle comunità locali di Orang Asli come rifugio e dai coloni cinesi nell'Ottocento per la raccolta del guano di pipistrello (in pratica, un fertilizzante).
Le cose cambiarono nel 1878, quando il naturalista americano William Hornaday scrisse delle grotte. Il suo lavoro attirò l'attenzione dei colonialisti britannici e dei proprietari terrieri locali. Tuttavia, a questo punto, non c'era nessun tempio.