Prima che le grotte di Batu avessero un significato religioso, l'area era conosciuta principalmente dalle comunità indigene locali e dai coloni cinesi. Usavano le grotte per raccogliere il guano (escrementi di pipistrello), che era prezioso come fertilizzante. Nel 1859, il naturalista americano William Hornaday esplorò il sito, attirando l'attenzione sulle sue sorprendenti formazioni calcaree e contribuendo al primo interesse per le grotte.