Avant que les grottes de Batu n'aient une signification religieuse, la région était principalement connue des communautés indigènes locales et des colons chinois. Ils utilisaient les grottes pour collecter le guano (excréments de chauve-souris), qui avait une valeur fertilisante. En 1859, le naturaliste américain William Hornaday a exploré le site, attirant l'attention sur ses formations calcaires saisissantes et contribuant à l'intérêt précoce pour les grottes.