Batu Caves bestaat al miljoenen jaren, maar het grootste deel van die tijd was het gewoon onderdeel van het natuurlijke landschap. Het werd af en toe gebruikt door lokale Orang Asli gemeenschappen voor onderdak en door Chinese kolonisten in de jaren 1800 voor het verzamelen van vleermuisguano (eigenlijk kunstmest).
Dat veranderde in 1878 toen de Amerikaanse natuuronderzoeker William Hornaday over de grotten schreef. Zijn werk trok de aandacht van Britse kolonialisten en plaatselijke landeigenaren. Toch was er op dit moment geen tempel.